El municipio de El Fuerte se localiza al noroeste del estado y sus coordenadas extremas son: 108°16´47” y 109°04´42” al oeste del meridiano de Greenwich y entre los 25°53´29” y los 26°38´47” de latitud norte.

Está situado a 80 metros sobre el nivel del mar en los valles y hasta 1 mil metros en sus partes altas. 
Su clima varía entre los 4° y 42°C.

Limita al norte con Sonora y el municipio de Choix; al sur con los municipios de Ahome, Guasave y Sinaloa; al poniente con Sonora y Ahome, y al oriente con los municipios de Choix y Sinaloa.